Платформата предлага следните стипендии:
1) Стипендии за млади български учени и представители на българската академична диаспора в чужбина (стартира от 2019 г.): програмата се финансира от Министерство на образованието и науката на Р България и включва: а) Пет 9-месечни стипендии за млади български изследователи и преподаватели; и б) Две 3-месечни стипендии за български учени, които работят и преподават в чуждестранни академични институции.
2) Стипендия „Пфорцхаймер“ (2019–2025) осигурява всяка година три 5-месечни стипендии за утвърдени български учени (Pforzheimer Senior Fellowships). Те се финансират и носят името на американския филантроп г-н Карл X. Пфорцхаймер III, библиофил и спомоществовател на Центъра за академични изследвания София.
3) Независими стипендии за чуждестранни учени (2011-2024) дава възможност на ЦАИ да подкрепя обещаващи научни проекти на чуждестранни учени (утвърдени и млади) по време на техния престой в София. Модулът се подкрепя от „Портикус“.
4) Стипендии Gerda-Henkel (2016-2025) се предоставят на учени от бившето съветско пространство в полето отново на социалните науки и хуманитаристиката, но с подчертана историческа перспектива. Стипендията се финансира от Gerda Henkel Foundation.
5) Хуманитарните науки в дигиталната епоха (2020-2024) и стипендиите, които предлагаме в рамките на тази програма, са водени от убеждението, че е особено важно за днешните хуманитаристи без значение на дисциплинарната им принадлежност да преосмислят своите научни занимания с оглед на тяхната релевантност към съвременните обществени предизвикателства (политически, етически, религиозни и академични). Стипендиите са предназначени за чуждестранни учени и са финансирани от Фондация Porticus.
6) Стипендии за артисти Landis and Gyr (2017-2028). Стипендията е предназначена за творци от различни полета – писатели, музиканти, художници, скулптори, актьори, режисьори, архитекти и пр. – с цел да се стимулира тяхната творческа работа в контакт с теоретичните изследвания, провеждани в Центъра. Стипендиите се финансират от Landis & Gyr Foundation (Швейцария).
Конкурсите за тези стипендии се обявяват всяка година през ноември месец на сайта на ЦАИ.
Подборът на стипендиантите се прави от Научния съвет на Център за академични изследвания – специален орган, в който членуват международно признати учени от различни научни полета.